Cette locution verbale relève du langage courant.
Et elle signifie : ne pas avoir fini de rencontrer des obstacles, d'éprouver des contrariétés, des chagrins ; avoir encore beaucoup de travail avant de conclure, avoir encore des difficultés à affronter, ne pas en avoir terminé, avoir encore à souffrir.
On dit par exemple : "Le gardien n'était pas au bout des ses peines puisqu'il a encore encaissé trois autres buts après celui-ci".
Sources : wiktionary.org et www.languefrancaise.net