Cette expression ancienne - qui remonterait au XVIIe siècle - signifie : peu importe ; cela n'est pas important, ne doit pas constituer obstacle.
On dit par exemple : "Je ne pourrais pas venir samedi prochain. Qu'à cela ne tienne : on se verra la semaine suivante".
Ou : "J'ai égaré ton livre, je suis désolé. Qu'à cela ne tienne, je l'avais en double".
Sources : www.linternaute.fr, www.expressio.fr et wiktionary.org