Cet adjectif du registre soutenu signifie "Qui n'est pas intuitif ; qui va à l'encontre de l'intuition innée et automatique".
Avoir un jugement contre-intuitif induit de ne pas écouter ses sentiments mais de raisonner de façon intelligible et réfléchie.
On dit par exemple : "Son raisonnement est contre-intuitif mais d'une efficacité remarquable".
Source : wiktionary.org et www.linternaute.fr