Cette locution verbale appartient au registre familier.
Et elle signifie, selon le contexte :
- au sens propre : ne pas couvrir les dépenses engagées ; avoir investi en vain ; devoir payer, supporter le coût,
On dit par exemple : "Nous avons participé à un petit salon en province pour vendre nos produits mais il n'y avait pratiquement personne : nous en avons été pour nos frais".
- et au sens figuré : être frustré dans ses espérances ; être déçu, insatisfait, s'être trompé ; ne pas voir ses voeux exaucés ou ses efforts récompensés ; avoir fait des efforts en vain,
On dit par exemple : "J'ai payé une bonne école de commerce à mon fils, mais ce petit crétin n'a pas été capable de passer en deuxième année".
Ou : "Nous avions invité notre voisin par politesse, persuadés qu'il ne pourrait pas venir. Mais cet idiot a reculé son départ en vacances pour pouvoir venir chez nous : nous en avons été pour nos frais !
Sources : www.expressio.fr, www.languefrancaise.net et wiktionary.org