Cette locution du langage courant signifie, au sens figuré : comprendre ou deviner ce qui n'est pas exprimé de manière explicite.
On dit par exemple : "J'ai lu votre dossier pour ce projet. Il est en effet très convaincant, mais si je lis entre les lignes, je comprends tout de même que jusqu'ici vous n'avez concrètement trouvé aucun investisseur".
Ou : "Il faut savoir lire entre les lignes d'un rapport financier si vous ne voulez pas vous heurter à d'assez désagréables déconvenues".
Sources :www.linternaute.fr et www.francaisauthentique.com