Mais : "BoN appétit !" et "Avoir boN appétit" !
Avec un "n", même si l'on prononce bien, en effet bo-ne-a-pé-ti, du fait de la liaison.
Mais le mot "Appétit" est un mot masculin.
Par ailleurs, on évite d'utiliser cette formule de "Bon appétit", contraire aux règles de savoir-vivre.