Cette amusante locution nominale très imagée était déjà utilisée au 1er siècle av. J.-C. par l'écrivain romain Cicéron, sous la forme "Fluctus in simpulo" ("Tempête dans une petite coupe").
Et elle signifie : beaucoup de bruit ou d'agitation pour pas grand-chose ; on se préoccupe exagérément d'un sujet, somme toute, peu important, voire insignifiant.
On dit par exemple : "Enfin voyons, il ne s'agit que d'une tempête dans un verre d'eau : tout cela sera oublié dans une semaine !".
Sources : wiktionary.org et www.expressio.fr