Ces deux locutions verbales possèdent - au sens figuré - des significations relativement proches :
- "En faire des caisses" (registre populaire) : surjouer une situation, agir avec outrance, exagérer, s'agiter, gesticuler.
On dit par exemple : "Inutile d'en faire des caisses ma chérie : ce bouquet de marguerites a été cueilli dans notre jardin".
- et "En faire des tonnes" (registre familier) : en faire beaucoup, en faire trop ; agir avec lourdeur.
On dit par exemple : "Tu aurais vu mon collègue avec le nouveau patron : il en a fait des tonnes !".
Sources : wiktionary.org, www.expressio.fr et www.mots-surannes.fr