Ces deux locutions homographes n'ont absolument pas la même nature ni la même signification :
- Dans "Comme par un fait exprès", le mot "fait" est en effet un substantif et "fait exprès" est donc une locution nominale, qui désigne un fait favorisant ou - le plus souvent - contrariant un projet. Et qui, bien que dû au hasard, semble voulu et concerté.
Ainsi, "fait exprès" exprime souvent, de manière ironique, la contrariété face à un empêchement.
On dit par exemple : "C'est tout de même incroyable : je dis que je veux voir une émission à la télévision et, comme par un fait exprès, tu me demandes de t'emmener faire des courses !".
- Tandis que dans "On le dirait fait exprès pour vous", le mot "fait" est un adjectif et "fait exprès" est donc une locution adjectivale, qui désigne une adaptation naturelle, des dispositions naturelles pour ce dont il s’agit".
On dit par exemple : "Ce tailleur vous sied à ravir : on le dirait fait exprès pour vous".
Dans les deux cas le mot "fait" se prononce "faite" car le "t" final est suivi d'une voyelle.
Voir à ce sujet mon article sur la prononciation du mot fait.