Cette expression du langage courant en forme d'idiotisme corporel signifie, au sens figuré : savoir à quoi s'en tenir, savoir ce qu’il en est, se délivrer de ses doutes.
On dit par exemple : "Je vais directement demandé à mon patron s'il a l'intention de nous faire déménager : je veux en avoir le coeur net".
Ou : "Maintenant au moins, je sais que je n'ai plus aucune chance avec cette fille, mais j'en ai le coeur net".
Sources : wiktionary.org et www.linternaute.fr