Ce substantif du registre soutenu appartient originairement au vocabulaire religieux et signifie :
- qui s'écarte de la doctrine officielle, particulièrement dans une église ou une organisation sectaire. Qui soutient des opinions contraires à l'orthodoxie religieuse.
- et par extension : qui ne se conforme pas aux opinions, aux idées traditionnelles ou communément admises dans un domaine donné. Qui s’écarte de ce qui serait appliqué par le plus grand nombre.
On dit par exemple : "Sa méthode est, je le concède, assez hétérodoxe".
L'antonyme de "hétérodoxe" est "orthodoxe". Et il est davantage connu du fait de l'existence de l'"Église orthodoxe".
Sources : www.cnrtl, wiktionary.org et www.larousse.fr