Cette expression signifie :
- au sens propre : faire baptiser son filleul dans la religion chrétienne, pour le parrain ou la marraine, en portant son filleul sur les "fonts baptismaux", c'est à dire la ou les cuves servant à recevoir l'eau du baptême,
- et, au sens figuré, : être à l'origine de, lancer, mettre en œuvre, provoquer l'avènement de, faire connaître quelque chose qui existait déjà mais n'était pas encore connu du grand public.
Source : www.expressio.fr et www.expressions-francaises.fr