Comme de nombreuses autres, cette expression imagée du langage courant puise ses origines dans la Bible (Livre d'Osée, 8, 7) et fait allusion à la colère divine.
Elle signifie, au sens figuré : provoquer ou susciter un désordre ou des troubles en apparence mineurs peut se révéler très dangereux car ceux-ci peuvent prendre une ampleur insoupçonnée et avoir de graves conséquences.
À l'instar de la tempête, au départ constituée de vents pas forcément très violents, mais qui vont rapidement aller en s'accélérant.
Celui qui incite à la violence doit ainsi s’attendre à de fâcheuses conséquences.
Cette expression est a rapprocher d'une autre, à la signification assez proche : "Récolter ce que l'on a semé".
Sources : www.expressio.fr et www.expressions-francaises.fr