Cette expression, qui semble dater du XVIIIe siècle, signifie en effet "Être capable de mesurer, d'estimer, évaluer quelque chose avec justesse", sans utiliser le moindre instrument, au contraire des marins d'autrefois qui utilisaient un compas.
On dit par exemple : "Dans la famille Hubert nous avons d'excellentes capacité d'estimation : on a le compas dans l'oeil !".