Cette locution verbale en forme d'idiotisme alimentaire appartient au registre familier.
Et elle signifie, au sens figuré : avoir échoué, figurer parmi les derniers d'une compétition ou d'un classement.
On dit par exemple : "Ce coureur avait pris un bon départ, mais il est dans les choux à l'arrivée".
Ou : "J'espérais que mon fils réussirait son concours mais il est dans les choux".
