Cette locution verbale signifie :
- au sens propre, dans le domaine de la marine et dans le domaine militaire : baisser le pavillon d'un navire, afin d'annoncer à son adversaire que l'on se rend.
Cette expression est née dans la marine à voile au XVIIe siècle, le substantif masculin "Pavillon" désignant le drapeau se trouvant sur un bateau (généralement à l’arrière), dont les couleurs indiquent la nationalité du bâtiment.
Lorsqu’un bateau était engagé dans un combat et que ce dernier mettait pavillon bas, c’est-à-dire descendait le drapeau de son mât, c’était pour signaler qu’il se rendait et cessait de combattre.
La locution exacte couramment utilisée dans la Marine est cependant "Amener pavillon" et non "Baisser pavillon".
- et par extension, au sens figuré, dans le registre familier : s'avouer vaincu, abandonner, céder, renoncer, abdiquer ; se reconnaître inférieur à la personne à qui l'on se trouve comparé, avec qui l'on est en concurrence, en conflit.
Sources : wiktionary.org, www.linternaute.fr et www.defense.gouv.fr