Cette locution adjectivale en forme d'idiotisme religieux signifie :
- au sens propre, dans le langage courant : non conforme, n'obéissant pas à la doctrine considérée comme vraie et enseignée officiellement par chacune des religions,
- par analogie : non conforme à une doctrine, à un système considérés comme les seuls véritables,
- et au sens figuré, dans le registre familier : bizarre, plus ou moins contestable ; pas en harmonie, en accord avec les opinions, les traditions généralement admises dans une société.
On dit par exemple : "Votre méthode n'est pas orthodoxe mais elle a le mérite d'être efficace".
Sur un sujet contigu, je me permets de vous recommander la lecture de mon article consacré à la locution adjectivale "Pas très catholique".
Sources : www.larousse.fr et www.cnrtl.fr