Ces deux mots homophonographes sont des apocopes de substantifs masculins :
- "Le proto", c'est, pour les jeunes, le protoxyde d'azote (registre familier).
- et "Un proto", c'est un prototype (registre familier).
C'est à dire :
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- autrefois : le modèle original, l'étalon, l'original (d'un objet à reproduire) (registre désuet),
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- par analogie : le modèle, l'exemple parfait.
On dit par exemple : "Ce type est le prototype du casse-pied".
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- et dans l'industrie : le premier exemplaire, le premier modèle réel d'un objet, d'une machine, d'un véhicule, établi afin de le mettre au point, avant d'entreprendre la fabrication en série.
Sources : wiktionary.org, www.cnrtl.fr et www.larousse.fr